Η Εσωτερική επαναστατική οργάνωση άλλαξε πολλές φορές όχι μόνο το όνομά της και τη δομή, αλλά και την ίδια τη θεμελίωση. Μια από αυτές τις σημαντικές αλλαγές ήρθε με την ένταξη άλλων βουλγαρικών οργανώσεων οι οποίες στην αρχή αμφισβητούν και τον ρόλο του. Πρόκειται για το Ανώτατο μακεδονικό κομιτάτο που βρίσκεται βέβαια στη Σόφια. Υπάρχει όμως και στη Θεσσαλονίκη η βουλγαρική επαναστατική μυστική αλληλεγγύη. Η τελευταία θα ενσωματωθεί στην οργάνωση το 1902, αλλά τα μέλη της θα παίξουν ένα θεμελιακό ρόλο μέσα στον πυρήνα της. Η προηγούμενη θεωρείται εξωτερική επειδή βρίσκεται στη Βουλγαρία. Αυτή ήθελε μέσω τρομοκρατικών χτυπημάτων ενάντια στην Οθωμανική Αυτοκρατορία, να προκαλέσει έναν πόλεμο μεταξύ της Βουλγαρίας και της Αυτοκρατορίας έτσι ώστε σε περίπτωση νίκης να καταλάβει η Βουλγαρία τη Μακεδονία. Υπάρχουν όμως και σχίσματα εντός αυτών των οργανώσεων που λειτουργούν με απόκλιση σε στρατηγικό επίπεδο. Έτσι θα προκαλέσει το πιο συντηρητικό κομμάτι που διευθύνουν αξιωματικοί του στενού κύκλου του Πρίγκιπα της Βουλγαρίας μια εξέγερση στην ανατολική Μακεδονία που θα αποτύχει το 1902, αλλά και η οργάνωση θα αποτύχει το 1903. Με αυτές τις δύο ήττες προσπαθούν να αλλάξουν στόχο και να δώσουν προτεραιότητα σε μια μορφή ομοσπονδίας στα Βαλκάνια.