Σε αυτόν τον μικρό κόσμο ήταν αδύνατο ακόμα και για τους ειδικούς της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας  να προβλέψουν την παρέμβαση των Μογγόλων. Κι όμως τα πρώτα θύματα ήταν οι Γεωργιανοί που δέχτηκαν το πλήγμα του πρώτου κύματος των στρατηγών του Τζένγκις Χαν το 1221. Ήταν ένα σημάδι. Η χώρα που ήταν η σύμμαχος και ο προστάτης της Αυτοκρατορίας του Πόντου δεν ήταν αθάνατη. Έτσι έμαθε ότι έπρεπε να προετοιμαστεί για νέες επιθέσεις από τα βάθη της Ανατολής. Αυτό έγινε το 1236 όταν επέστρεψαν οι Μογγόλοι με ακόμα πιο βίαιο τρόπο και κατέκτησαν όλη τη Γεωργία. Τα πράγματα χειροτέρεψαν το 1243 όταν εξόντωσαν τους Σελτζούκους και όλους τους συμμάχους τους. Τίποτα δεν μπορούσε να σώσει την Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας, έτσι ο Μανουήλ Α΄ αποφάσισε να υπάγεται στον Μεγάλο Μογγόλο κι έτσι κατάφερε να επιζήσει η Αυτοκρατορία κάτω από την Μογγολική Ειρήνη, αλλά έπρεπε να πληρώνει φόρους. Οι Μογγόλοι την άφησαν ήσυχη, γιατί δεν ήταν επικίνδυνη κι επέτρεπε εμπορικές σχέσεις.