Ακόμα και αν θέλουμε να μοντελοποιήσουμε τον εγκέφαλό μας μ’ ένα σχετικά απλοϊκό μοντέλο, δηλαδή ένα τοπολογικό όπου το νευρωνικό δίκτυο ερμηνεύεται ως ένας γράφος που έχει νευρώνες ως κορυφές και συνάψεις ως ακμές, το πρόβλημα της καταμέτρησης των νευρώνων παραμένει θεμελιακό. Υπάρχει βέβαια μια γενική και αποδεκτή εκτίμηση ότι είναι ένας αριθμός της τάξης των εκατό δισεκατομμυρίων. Όμως όταν εξετάζουμε λίγο ακριβέστερα τις μεθοδολογίες καταμέτρησης όπως αυτή του Golgi που πήρε βραβείο Νόμπελ, κατανοούμε ότι πρόκειται για πολύ χοντρικές εκτιμήσεις. Το πρόβλημα δεν είναι μόνο ότι αυτή η μέθοδος δεν εντοπίζει όλους τους νευρώνες, αλλά ακόμα κι αν το έκανε, θα έχουμε ακόμα το πρόβλημα της πυκνότητας, όντως ο εγκέφαλός μας δεν έχει σε όλα τα μέρη του την ίδια νευρωνική πυκνότητα. Έτσι η παρεγκεφαλίδα (cerebellum) ενώ είναι μικρότερη από τον μισό εγκέφαλό μας, εμπεριέχει τα μισά από το συνολικό πλήθος νευρώνων. Όμως και σε μια μόνο περιοχή των εγκεφάλων, η καταμέτρηση παραμένει περίπλοκη, γιατί οι διασυνδέσεις είναι πάρα πολλές και αποτελούν ένα πυκνό σύμπλεγμα, όπου ο διαχωρισμός των στοιχείων μόνο εύκολος δεν είναι. Αυτό σημαίνει πρακτικά ότι και μία αλλαγή μεθοδολογίας μπορεί να προκαλέσει τεράστιες διαφορές στην καταμέτρηση. Έτσι η βραζιλιάνικη μεθοδολογία που δημοσιεύτηκε στο Found of Comparative Neurology εκτιμά ότι ο ανθρώπινος εγκέφαλος έχει 86 δισεκατομμύρια νευρώνες. Αυτό σημαίνει ότι ακόμα και σε αυτό το πολύ βασικό επίπεδο της γνώσης του εγκεφάλου αφού δεν μιλούμε ακόμα για δομή, αλλά απλώς για πλήθος, έχουμε αντικειμενικές δυσκολίες καταμέτρησης. Είναι λοιπόν απαραίτητο να σκεφτούμε πιο συγκεκριμένα άλλες μεθοδολογίες που χρησιμοποιούν νέες τεχνολογίες όπως είναι και οι νανοτεχνολογίες με την αξιοποίηση των λέιζερ που μας δίνουν εικόνες ακρίβειας, για να προσεγγίσουμε με ακρίβεια το πλήθος των νευρώνων του ανθρώπινου εγκεφάλου για να περάσουμε στη συνέχεια στη δομή του με την εμπλοκή των συνάψεων.