Ένα πολύ χαρακτηριστικό παράδειγμα αυτής της δυσκολίας είναι το ανδρικό γεννητικό σύστημα. Αυτό δεν σημαίνει ότι το γεννητικό σύστημα της γυναίκας είναι απαλλαγμένο από δυσκολίες. Η βασική διαφορά προέρχεται από το στυτικό χαρακτήρα του ανδρικού οργάνου και τη γεωμετρική του αλλαγή μέσω του φαινομένου των συσπάσεων που εξαρτάται άμεσα από την κυκλοφορία του αίματος η οποία θα ανακαλυφθεί από τον William Harvey το 1628. Σ’ ένα από τα ανατομικά σχέδια του Leonardo da Vinci όπου μελετά μεταξύ άλλων τη φυσιολογία του ανθρώπινου εγκεφάλου, εξετάζει επίσης το ανδρικό γεννητικό σύστημα χρησιμοποιώντας μία κάθετη τομή. Παρουσιάζει πολλά ανδρικά όργανα. Δείχνει με λεπτομέρεια την ουρήθρα αν και η γεωμετρία της βαλανικής μοίρας (lacuna magna – σκαφοειδής βόθρος) δεν είναι σαφής. Εν πάση περιπτώσει, όπως η ουρήθρα έχει μια αναπαραγωγική λειτουργία, εφόσον επιτρέπει τη διέλευση του σπέρματος, είναι ενδιαφέρον να συγκρίνουμε αυτό το σχέδιο με εκείνο στο οποίο το ανδρικό όργανο βρίσκεται σε στύση. Σ’ αυτό το σχέδιο, ο Leonardo da Vinci παρουσιάζει στα δεξιά τη συνουσία. Στα αριστερά, περιγράφει το πεπτικό σύστημα. Πιο κάτω, σχεδιάζει μία εγκάρσια τομή κατά μήκος του ανδρικού οργάνου που ταυτίζεται με την πλάγια παρουσίαση του άλλου σχεδίου. Το άλλο σχήμα είναι μία κάθετη τομή στη μέση του σηραγγώδους σώματος και του σπογγώδους σώματος. Κι αυτή τη φορά έχουμε σίγουρα ένα πρόβλημα διότι δεν μπορούμε να δούμε τα δύο αυτά όργανα. Στην εγκάρσια κατά πλάτος τομή, είναι δύσκολο να θέσουμε με ακρίβεια την ουρήθρα, ενώ ξέρουμε πλέον ότι περιβάλλεται εξολοκλήρου από το σπογγώδες σώμα. Στο σημείο της τομής, είναι εντελώς αδύνατον το σπογγώδες σώμα να έχει μεγαλύτερο τμήμα από εκείνο του σηραγγώδους σώματος. Όσον αφορά στην ουρήθρα, είναι δύσκολο να τη διακρίνουμε. Μόνο με μεγάλη μεγέθυνση θα μπορούσαμε ίσως να δούμε το σχέδιο. Όμως αυτή η έλλειψη ακρίβειας εξηγείται από το γεγονός ότι ο Leonardo da Vinci κάνει ανατομές πτωμάτων, όπως έχουμε προαναφέρει. Επιπλέον, δεν απεικονίζεται η αρτηριακή πίεση στο σηραγγώδες σώμα. Ωστόσο, αυτό που αποτελεί τη σημαντικότερη απουσία στο σχέδιο του Leonardo da Vinci είναι η διπλή δομή του σηραγγώδους σώματος. Και είναι πολύ περίεργο σε τέτοιου είδους τομή. Γι’ αυτόν το λόγο, θεωρούμε ότι είναι το κατεξοχήν παράδειγμα που δείχνει τα όρια της μεθοδολογίας του Leonardo da Vinci. Όντως, όπως ο Leonardo da Vinci πρέπει να αρκείται σε ανατομές και να παρουσιάζει υλικό που δεν είναι πλέον εν ζωή, δεν έχει μόνο προβλήματα υφής και επιφάνειας, αλλά επίσης και βάθους.